日月潭生態相非常豐富，根據調查記錄發現植物計741種，以桑、樟、櫧、楠、殼斗科等等最多，蕨類植物亦非常豐富。鳥類有121種，以畫眉科、鷺科數量最多，昆蟲有鱗翅目21科260種，鞘翅目5科94種，蜻蛉目8科32種，兩棲類16種，令人目不暇給。

日月潭的昆蟲以『獨角仙』最受歡迎。從5月份開始，只要稍加注意，隨處可見獨角仙的芳蹤，尤其在夜晚時，昆蟲的趨光性使然，只要有光源的路燈下，大概都可撿到獨角仙，另外5月至9月間，在山區附近可採集到鍬形蟲，4、7、10月並可看到大型的蛇頭蛾。建議可在夜晚走一趟涵碧步道，涵碧夜色是日月潭著名的夜景之一，沿著兩公里長的步道，欣賞日月潭夜的靜謐，夏夜裡還可看見螢火蟲閃閃點點，很有詩意喔！