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日月潭生態相非常豐富,根據調查記錄發現植物計741種,以桑、樟、櫧、楠、殼斗科等等最多,蕨類植物亦非常豐富。鳥類有121種,以畫眉科、鷺科數量最多,昆蟲有鱗翅目21科260種,鞘翅目5科94種,蜻蛉目8科32種,兩棲類16種,令人目不暇給。
日月潭的昆蟲以『獨角仙』最受歡迎。從5月份開始,只要稍加注意,隨處可見獨角仙的芳蹤,尤其在夜晚時,昆蟲的趨光性使然,只要有光源的路燈下,大概都可撿到獨角仙,另外5月至9月間,在山區附近可採集到鍬形蟲,4、7、10月並可看到大型的蛇頭蛾。建議可在夜晚走一趟涵碧步道,涵碧夜色是日月潭著名的夜景之一,沿著兩公里長的步道,欣賞日月潭夜的靜謐,夏夜裡還可看見螢火蟲閃閃點點,很有詩意喔!
春夏秋冬皆是日月潭的釣魚季,每年3月至10月是奇力魚繁殖期,體型大約8-10公分左右,非常容易上鉤,據釣客形容此魚是吃『五金的』也就是有魚鉤就好了,餌不講究,隨意啦!曲腰魚大約可達30公分,比較屬於浮游性,但是盛名之累下,日漸稀少,要釣它就得看功夫了!大概來說潭中包含了台灣大部分的淡水魚種。比較常見的有:鯉魚、鯁仔、鯰仔、福壽魚、溪哥.....等。武昌魚也偶有上鉤,數量不多就是了,另外有一項電力公司提供的超優福利品---烏鰡。原來電力公司為了避免潭中螺類繁殖過剩,影響發電的取水作業,所以每年皆會放養大批的烏鰡魚,以期控制,效果如何?不得而知,倒是引來大批釣客。據說冬天最適合釣烏鰡及鯰魚了,鯁仔魚大約4-5月較易上鉤。(碼頭區域及廣場禁止釣魚)
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