日月潭生態相非常豐富，根據調查記錄發現植物計741種，以桑、樟、櫧、楠、殼斗科等等最多，蕨類植物亦非常豐富。鳥類有121種，以畫眉科、鷺科數量最多，昆蟲有鱗翅目21科260種，鞘翅目5科94種，蜻蛉目8科32種，兩棲類16種，令人目不暇給。

日月潭的昆蟲以『獨角仙』最受歡迎。從5月份開始，只要稍加注意，隨處可見獨角仙的芳蹤，尤其在夜晚時，昆蟲的趨光性使然，只要有光源的路燈下，大概都可撿到獨角仙，另外5月至9月間，在山區附近可採集到鍬形蟲，4、7、10月並可看到大型的蛇頭蛾。建議可在夜晚走一趟涵碧步道，涵碧夜色是日月潭著名的夜景之一，沿著兩公里長的步道，欣賞日月潭夜的靜謐，夏夜裡還可看見螢火蟲閃閃點點，很有詩意喔！

春夏秋冬皆是日月潭的釣魚季，每年3月至10月是奇力魚繁殖期，體型大約8-10公分左右，非常容易上鉤，據釣客形容此魚是吃『五金的』也就是有魚鉤就好了，餌不講究，隨意啦！曲腰魚大約可達30公分，比較屬於浮游性，但是盛名之累下，日漸稀少，要釣它就得看功夫了！大概來說潭中包含了台灣大部分的淡水魚種。比較常見的有：鯉魚、鯁仔、鯰仔、福壽魚、溪哥.....等。武昌魚也偶有上鉤，數量不多就是了，另外有一項電力公司提供的超優福利品---烏鰡。原來電力公司為了避免潭中螺類繁殖過剩，影響發電的取水作業，所以每年皆會放養大批的烏鰡魚，以期控制，效果如何？不得而知，倒是引來大批釣客。據說冬天最適合釣烏鰡及鯰魚了，鯁仔魚大約4-5月較易上鉤。（碼頭區域及廣場禁止釣魚）